Ammesso al Conservatorio Nazionale Regionale di Tolosa (F) nel 1991 nella classe d'organo di Michel Bouvard, Stéphane Bois consegue, nel 1994, la médaille d'or all'unanimità e con le félicitations du jury. Nello stesso anno, viene ammesso al Conservatorio Nazionale Superiore de Musica di Lione nella classe di Jean Boyer e lì ottiene nel 1997 il Certificat d'Etudes Supérieures in organo, con la votazione très bien all'unanimità della giuria.

Organista co-titolare della cattedrale Saint-Etienne di Tolosa dal 1994 al 2004, Stéphane Bois è attualmente titolare del grande organo Link della cattedrale di Mirepoix. In possesso del Diploma di Stato in pedagogia strumentale, Stéphane Bois affianca le attività di insegnamento di organo a Tolosa nelle classi dell'Istituto di Musica Sacra, del Conservatorio Nazionale Regionale e dell'Istituto Superiore delle Arti di Tolosa. Allo stesso modo, insegna congiuntamente pianoforte e organo al Conservatorio di Pamiers. Vice-presidente incaricato della direzione artistica delll'Associazione degli Amici dell'organo di Mirepoix, opera per la salvaguarda ed il recupero del Grande Organo Link della Cattedrale di Saint Maurice in Ariège.

Interessato ad un'interpretazione autentica e fondata sulla ricerca musicologica, ha realizzato un notevole studio sul Clavicembalo Ben Temperato di J.S.Bach pubblicato sulla rivista L'Orgue (2001-II N.254). È stato invitato a tenere recital sia come solista, sia in formazione da camera in numerosi Festival internazionali sia in Francia che all'estero. In occasione del Festival International Toulouse les Orgues 2009, ha realizzato ed eseguito la trascrizione per organo del Finale della Quarta Sinfonia di Johannes Brahms, prestazione felicemente notata dalla penna di Michel Roubinet.

Interessato alla musica del suo tempo, Stéphane Bois ha eseguito nel 1998 a Tolose Pour un vitrail imaginaire per grande organo e, più recentemente, un concerto per organo e orchestra, due opere del compositore Jean-Luc Defontaine delle quali è il dedicatario. Ha quindi inciso per le edizioni Hortus un disco dedicato ad altre opere di questo autore (Hortus 201 © Hortus 2012). Ha ugualmente realizzato nel 1998 un disco da solista, Autour de la Fantaisie Romantique, dedicato ad alcuni capolavori di Boëly, Saint Saëns, Liszt et Brahms sul grande organo Gérard Bancells dell'Istituto Cattolico di Tolosa, edito dall'etichetta Coriolan (COR 335 805), unanimamente riconosciuto dalla critica. La sua ultima incisione, realizzata sul grande organo storico Link della Cattedrale de Mirepoix si è vista assegnare il «Coup de cœur» dal Magazine de l'Orgue, il più elevato riconoscimento discografico della rivista belga.

Ha partecipato al festival Fiori Musicali nel 2016