Jean-Claude Zehnder è stato per oltre trent’anni titolare della cattedra d'organo alla Schola Cantorum Basiliensis. È organista all'organo Silbermannn del Duomo di Arlesheim, uno tra i più importanti organi storici della Svizzera. È uno dei massimi esperti mondiali dell’opera organistica di Bach. Ha pubblicato, tra l'altro, per il Bach-Jahrbuch. Ha registrato per le principali reti radiofoniche europee ed ha tenuto numerosi concerti in tutta Europa, America ed Australia. Ha inciso per Motette Ursina, Psallite, Harmonia Mundi. Di recente pubblicazione sono i tre CD dedicati all'Orgelbüchlein di J.S.Bach.

Ha partecipato al festival Fiori Musicali nel 2008